二氧化碳培養箱必須先經過清潔才能實現消毒和滅菌的目的，許多殺菌劑只對經過清潔過的物品才具有殺菌活性。清潔時必須使用與以后使用的消毒劑或殺菌劑化學性質上相容的試劑進行清潔、消毒。
① 清潔箱體表面：先拂去表面的灰塵，再用濕的海綿或軟布清洗，再用軟布擦干。如果有污物則用低濃度的清潔劑清洗，然后擦干。
② 清洗箱體內部：選擇合適的消毒劑。所有的物件和表面必須徹底清洗，然后用無菌水沖洗，再擦干或晾干。
③ 清洗玻璃門：清洗箱內的玻璃門時使用的清潔劑和清洗培養箱內部時使用的相同。然后用蒸餾水漂洗，從而清除殘留的清潔劑，最后用軟布把門擦干。
